DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA–gene interactions Full text

Karagkouni D, Paraskevopoulou MD, Chatzopoulos S, Vlachos IS, Tastsoglou S, Kanellos I, Papadimitriou D, Kavakiotis I, Maniou S, Skoufos G, Vergoulis T, Dalamagas T, Hatzigeorgiou AG
Nucleic Acids Research, gkx1141, https://doi.org/10.1093/nar/gkx1141. Epub 201 November 16
2017
Περιοδικό
Περίληψη.

Η DIANA-TarBase v8 (http://www.microrna.gr/tarbase) είναι μια βάση δεδομένων αναφοράς με σκοπό την ευρετηριοποίηση πειραματικά υποστηριζόμενων στόχων microRNA (miRNA). Η όγδοη έκδοση της είναι η πρώτη βάση δεδομένων που ευρετηριοποιεί πάνω από 1 εκατομμύριο εγγραφές που αντιστοιχούν σε περίπου 670 000 μοναδικά ζευγάρια miRNA-στόχων. Οι αλληλεπιδράσεις υποστηρίζονται από περισσότερες από 33 πειραματικές μεθοδολογίες που εφαρμόζονται σε περίπου 600 τύπους κυττάρων/ιστών κάτω από περίπου 451 πειραματικές συνθήκες. Ταυτόχρονα ενσωματώνει δεδομένα σχετικά με τη ρύθμιση γονιδίων από miRNA που σχετίζεται με ένα συγκεκριμένο τύπο κυττάρων, ενώ παρέχονται και εκατοντάδες χιλιάδες τοποθεσιών πρόσδεσης miRNA. H TarBase ωριμάζει, με περισσότερο από μία δεκαετία συνεχούς υποστήριξης στον τομέα των μη-κωδικοποιητικών RNA. Προστέθηκε επίσης μια νέα λειτουργία που επιτρέπει την περιήγηση αλληλεπιδράσεων μέσω συνδυασμού φίλτρων. Η λειτουργία αυτή επιτρέπει την εύκολη ανάκτηση θετικών και αρνητικών στόχων miRNA ανά είδος, μεθοδολογία, τύπο κυττάρων και ιστό. Για την εμφάνιση αλληλεπιδράσεων με βάση την ισχύ τις μεθοδολογίας από την οποία προκύπτουν χρησιμοποιείται ένα ενσωματωμένο σύστημα κατάταξης. Στατιστικά, διαγράμματα πίτας και διαδραστικά διαγράμματα με μπάρες που παρουσιάζουν το περιεχόμενο της βάσης δεδομένων είναι διαθέσιμα μέσω μίας αποκλειστικής σελίδας αποτελεσμάτων. Τέλος, εισάγεται μια χρηστική διεπαφή που παρέχει μία φιλική προς το χρήστη εφαρμογή με ευέλικτες επιλογές για διάφορα ερωτήματα.