Querying scientific databases, considering the historic evolution of data Full text

Ilias Kanellos
Department of Computer Engineering and Informatics, National Technical University of Athens, Greece
2012
Διπλωματική Εργασία
Περίληψη. Σκοπός της εργασίας ήταν η ανάπτυξη μιας εφαρμογής προβολής των αλλαγών που αφορούν τα δεδομένα που καταγράφονται για βιομόρια micro RNA. Η εφαρμογή ενσωματώνεται ως επέκταση σε λογισμικό που διατίθεται από την ιστοσελίδα DIANA, η οποία αναπτύχθηκε σε συνεργασία με το ερευνητικό κέντρο «Αλέξανδρος Φλέμινγκ». Τα μόρια micro RNA αποτελούν ένα σημαντικό τομέα έρευνας της βιολογίας, καθώς σχετίζονται με την έκφραση γονιδίων και συνεπώς ευθύνονται για την εκδήλωση ασθενειών. Καθώς εμπλουτίζονται τα δεδομένα που προκύπτουν από την έρευνα γύρω από τα μόρια αυτά, εκδίδονται νέες εκδόσεις των βάσεων δεδομένων που τα καταγράφουν. Από έκδοση σε έκδοση των βάσεων αυτών, ενδέχεται να παρουσιάζονται αλλαγές στα δεδομένα αυτά. Το αποτέλεσμα είναι η παρουσίαση δυσκολιών στην έρευνα, καθώς ο ερευνητής δεν μπορεί να έχει τη συνολική εικόνα για τη γνώση που υπάρχει γύρω από ένα συγκεκριμένο μόριο micro RNA. Στα πλαίσια της διπλωματικής (α) κατασκευάστηκε μια βάση δεδομένων που κωδικοποιεί όλη την εξέλιξη των δεδομένων για τα micro RNAs που καταγράφονται από την βάση mirbase (www.mirbase.org) και (β) υλοποιήθηκε μια διαδικτυακή εφαρμογή που προβάλλει τους γράφους εξέλιξης των δεδομένων για micro RNAs από έκδοση σε έκδοση, κάνοντας χρήση της παραπάνω βάσης.