DIANA-miRPath v3.0: deciphering microRNA function with experimental support Full text

Vlachos IS, Zagganas K, Paraskevopoulou MD, Georgakilas G, Karagkouni D, Vergoulis T, Dalamagas T, Hatzigeorgiou AG
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W460-6. doi: 10.1093/nar/gkv403. Epub 2015 May 14
2015
Περιοδικό
Περίληψη.

Ο λειτουργικός χαρακτηρισμός των miRNAs παραμένει ακόμα ανοιχτό ζήτημα. Σε αυτή τη δημοσίευση παρουσιάζεται το DIANA-miRPath v3.0 (http://www.microrna.gr/miRPathv3), μια διαδικτυακή σουίτα λογισμικού για την εκτίμηση των ρυθμιστικών ρόλων των miRNA και την αναγνώριση των επηρεαζόμενων μονοπατιών. Η νέα διαδικτυακή εφαρμογή miRPath καθιστά δυνατή τη λειτουργική επισημείωση ενός ή περισσοτέρων miRNAs, χρησιμοποιώντας στατιστικά εργαλεία με τις καθιερωμένες κατανομές (υπεργεωμετρικές κατανομές), στατιστικά εργαλεία με κατανομές χωρίς πόλωση και/η στατιστικές μετα-αναλύσεις. Η Βάση Δεδομένων και η λειτουργικότητα του DIANA-miRPath v3.0 έχουν επεκταθεί σημαντικά ώστε να υποστηρίζουν τόσο αναλύσεις για μοριακά μονοπάτια της KEGG όσο και πολλαπλά τμήματα της Γονιδιακής Οντολογίας (GO) σε 7 είδη (Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Gallus gallus and Danio rerio). Σημαντικό είναι το γεγονός ότι, στο νέο σχήμα έχουν ενσωματωθεί περισσότεροι από 600 000 πειραματικά επιβεβαιωμένοι στόχοι miRNAs από το DIANA-TarBase v7.0. Οι χρήστες του DIANA-miRPath v3.0 μπορούν να αξιοποιήσουν αυτό τον πλούτο πληροφοριών και να αντικαταστήσουν ή να συμπληρώσουν διαθέσιμους in silico στόχους από προβλέψεις του DIANA-microT-CDS και/η τουTargetScan v6.2 με υψηλής ποιότητας πειραματικές αλληλεπιδράσεις. Ένα μοναδικό χαρακτηριστικό του DIANA-miRPath v3.0 είναι το ανασχεδιασμένο κομμάτι Αντίστροφης Αναζήτησης, που επιτρέψει στους χρήστες να αναγνωρίσουν και να οπτικοποιήσουν miRNAs που επηρεάζουν σημαντικά επιλεγμένα μονοπάτια ή ανήκουν σε συγκεκριμένες κατηγορίες της GO, με βάση πειραματικά δεδομένα από in silico δοκιμές. Το DIANA-miRPath v3.0 είναι ελεύθερα διαθέσιμο σε όλους τους χρήστες χωρίς να χρειάζεται σύνδεση.